Por: Tania Aliaga
Para poder conocer las experiencias de un profesional que ha trabajado con la herramienta CRISPR Cas y despejar algunas dudas, en esta ocasión entrevistamos a Jhonathan Benites Pariente, licenciado en Biología por la Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo, con Maestría en Bioquímica y Biología Molecular por la Universidad de Sao Paulo – Brasil y candidato doctoral en Ciencias e Ingeniería Biológica por la Universidad Nacional Agraria La Molina.
Para empezar, ¿podría darnos una breve explicación sobre lo que es la tecnología CRISPR?
“El sistema CRISPR Cas es una tecnología que se basa en la edición génica, pero, no es la única, existen otras como: ZFNs, TALENs y meganucleasas, sin embargo, son más complicadas de realizar. CRISPR Cas básicamente consta de dos componentes: enzimático (Cas) y una molécula de ARN (la llamada ARN guía) y aquí presenta una ventaja sobre otros sistemas puesto que el ARN es una molécula corta (20 nucleótidos aproximadamente) diseñados complementariamente a la región de ADN que se desea cortar “.
Imagen 1. Entrevista con Jhonathan Benites Pariente
¿Cuál es la situación de CRISPR en el Perú? ¿Puedes comentarnos algo acerca de tu trabajo?
“En el año 2016 inician los trabajos empleando la herramienta CRISPR en edición génica en hongos en Perú, con el investigador Marcel Gutiérrez Correa, quien fue mi mentor. Realicé una búsqueda en la base de datos de RENATI, al poner la palabra clave CRISPR no se encuentran resultados, por otro lado, en la base de datos ALICIA de CONCYTEC se encuentran al menos 11 artículos, sin embargo, estos no son trabajos experimentales”.
“Se está trabajando en proyectos para editar genéticamente la papa para realizar variedades con resistencia frente a patógenos o tolerancia a otros suelos. Existe al menos un trabajo de la UPC en donde emplean CRISPR. También realicé un trabajo en el año 2019, sin embargo, este aún no ha podido ser publicado, también estoy apoyando en un trabajo de la Universidad de Piura, en la realización de líneas celulares mutantes empleando este sistema”.
¿Cuáles fueron los mayores desafíos que se le han presentado al trabajar con la herramienta CRISPR?
“Creo que una de las desventajas, porque no todo en CRISPR es fácil, es la presencia de off targets, que son las secuencias que por ejemplo tienen 1 nucleótido de diferencia con la secuencia complementaria del ARN guía, lo que genera que el ARN guía podría direccionar la enzima Cas hacia una secuencia que no es totalmente complementaria, entonces podría digerir o cortar una región inespecíficamente y este problema ocurre más en células eucariotas”.
“Este problema me ocurrió en mi tesis doctoral, porque para agilizar el trabajo, usé un ARN guía reportado en otra investigación, en el que se reportaba una eficiencia de edición de un 95% a un 100%, sin embargo, yo obtuve 11% de eficiencia. Al realizar algunos ensayos de verificación de edición, aparentemente, la secuencia fue insertada en otro sitio diferente al que se había elegido, creo que pudo ser por off targets”.
Imagen N°3. Off target o mutaciones no deseadas (Kempton and Lei, 2019).
En este contexto de pandemia ¿Cómo ha sido útil CRISPR Cas?
“En esta época de pandemia es cuando se empezó a hablar de CRISPR y todo el mundo comenzó a escuchar sobre la parte de edición génica y la aplicación que se le daba para la rama de diagnóstico y aquí es donde se emplean las enzimas Cas 12 y Cas 13”
“En el Perú, la Universidad de Tumbes con la empresa IncaBiotec ganó un concurso CONCYTEC para emplear CRISPR para la detección de Sars Cov 2, además de ello, la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas también ganó un proyecto en el que emplean CRISPR Cas con Lamp para la detección de COVID. Por parte de la universidad Cayetano Heredia se sacó un dispositivo de detección parecido al dispositivo SHERLOCK en el cual también utilizan CRISPR”.
Imagen N°2. Diagnóstico SHERLOCK para detección de SARS-CoV-2 (Joung et al., 2020).
¿Qué perspectivas futuras tiene para realizar trabajos con CRISPR?
“Estoy muy interesado en los biosensores, que aún es un campo poco trabajado en el Perú. Mis perspectivas a corto tiempo es realizar, junto a mi colega, un sistema de detección de SARS COV 2, empleando un biosensor con CRISPR y la técnica de voltametría (en la cual mi colega es el experto), que es un método de detección que aún no he visto que haya sido publicado”.
“También tengo pensado en realizar un biosensor para la detección de dengue puesto que tengo entendido que hay problemas de detección de dengue, zika y chikunguña porque las pruebas dan falsos positivos, pero con CRISPR se podría realizar un dispositivo de diagnóstico que pueda evitar estos problemas, además, este podría ser más sensible y puede diferenciar entre un virus y otro”.
¿Qué recomendaciones que le podría dar a alguien interesado en trabajar con CRISPR Cas?
“Mi recomendación para alguien interesado en utilizar esta técnica pues es simplemente que lo haga, no es algo complicado y no es algo que vaya a necesitar un equipo que no esté al alcance ya que lo que se necesita para hacer CRISPR son herramientas que se utilizan para hacer Biología Molecular, entonces lo que nosotros necesitamos es la idea de proyecto, la propuesta y tratar de encaminarla justamente con el uso de esta tecnología”.
Antes de concluir la entrevista, Jhonathan nos dio estas palabras: “Invito a los lectores del blog a que se interesen en la ciencia y en la utilización de esta tecnología, que por el momento no tiene una regulación, es un tema que tal vez requeriría una clase de ética para ver hasta dónde ética o moralmente podríamos llegar”. “Invitar a todos a que tengan el entusiasmo de realizar algún proyecto utilizando esta técnica y pues yo estoy dispuesto a apoyarlos con un consejo”.
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