Hace algunas semanas en este blog, he subido un post titulado: “La metagenómica: una herramienta de la biotecnología microbiana”, un tema de gran importancia en la actualidad. Para profundizar un poco más y darnos algunos alcances con respecto a este tema, he tenido la oportunidad de entrevistar al Microbiólogo Luis Felipe Valdez Núñez, Máster en Tecnologías Medioambientales por la Universidad de Vigo (España) y docente en la Universidad Nacional de Cajamarca. Espero disfruten de la entrevista.
1. ¿Nos puede dar un ejemplo relevante sobre el uso de la metagenómica en la solución de un problema?
“Bueno, en lo que a mi más respecta, que es la parte ambiental; una de las mayores ventajas que ha traído la metagenómica hasta ahora, es la capacidad de poder cultivar a nuevos microorganismos, mediante la búsqueda en sus genomas de sus rutas metabólicas y de los requerimientos nutricionales necesarios. Un ejemplo claro, es el estudio que Gene Tyson y colaboradores realizaron en el año 2004, que permitió el cultivo de Leptospirillum, un microorganismo que hasta entonces no se había aislado”.
Microfotografía de una cepa nativa de Leptospirillum ferrooxidans.
Fuente: Giaveno et al., 2007.
2. ¿Ha realizado algún estudio empleando metagenómica? ¿Nos puede hablar de su experiencia?
“Sí, he tenido la oportunidad de realizar un estudio metagenómico 16S (gen que codifica la subunidad menor de un ribosoma procariota) en el año 2017 en los laboratorios de la universidad de Wageningen (Países Bajos), empleando muestras de drenajes ácidos de mina de la localidad de Hualgayoc – Cajamarca. El objetivo de este estudio fue determinar la diversidad microbiana presente en este tipo de ecosistemas. En mi experiencia, yo diría que estos estudios son bastante laboriosos, pues, involucran una serie de procedimientos bien detallados en el laboratorio. Otra de las cosas que he aprendido en cuanto a dichos procedimientos, es que no siempre se aplica lo que está escrito en la teoría, puesto que, cada ambiente tiene sus peculiaridades.”
3. ¿Nos puede hablar sobre los resultados más resaltantes que ha obtenido en su estudio?
“Como ya era de esperarse, no obtuvimos una gran diversidad microbiana porque estamos hablando de muestras de un ambiente extremo (bajo pH). Sin embargo, nos llamó bastante la atención encontrar una gran cantidad de microorganismos no clasificados y microorganismos que normalmente están reportados en otro tipo de ambientes con condiciones totalmente diferentes. Estos hallazgos son muy importantes, porque nos dan la oportunidad de realizar más estudios en el futuro que nos permitan profundizar sobre las aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos nativos de estos ambientes extremos en la zona de Hualgayoc – Cajamarca.”
4. Si queremos realizar un estudio metagenómico ¿Qué condiciones de laboratorio se necesitan? ¿Es probable hacerlos en nuestra región?
“Es totalmente posible desarrollar este tipo de estudios en nuestra región. Sin embargo, es necesario que se cumplan ciertas condiciones, tales como: la existencia de infraestructura calificada y especializada, y que se cuente con los laboratorios totalmente equipados. Además, es necesario desarrollar estrategias de concientización sobre la importancia de estas herramientas debido a que pueden ser aplicadas en diferentes campos de estudio; buscando que las autoridades inviertan y tomen parte en el desarrollo de este tipo de proyectos, en beneficio de nuestra sociedad.”
5. En su opinión ¿Qué ambientes en Cajamarca tienen un mayor potencial biotecnológico para la aplicación de estudios metagenómicos?
“Cajamarca, cuenta con ambientes naturales únicos, ambientes poco impactados por la actividad humana. Personalmente, considero muy interesantes aquellos ambientes extremos en cuanto a las condiciones de vida, ya que representan condiciones tan particulares que permiten el desarrollo de comunidades bacterianas únicas capaces de producir nuevos metabolitos que pueden ser de gran importancia.”
Ambientes extremos con gran potencial para estudios metagenómicos en Cajamarca. a) Drenajes ácidos de mina en Colquirrumi – Hualgayoc. b) Aguas termales en Quilcate – San Miguel.
6. Con la perspectiva que da la experiencia ¿Qué le diría a un(a) joven que está pensando realizar estudios de metagenómica?
“Considero que el factor clave para realizar una buena investigación es tener un enfoque bien orientado a los resultados. Por lo tanto, les recomendaría desarrollar un buen plan de investigación, que permita centrar todos los esfuerzos y recursos en una sola dirección, en el que se tenga bien definido el ¿por qué? del estudio y que sirva como base para futuras investigaciones”.
La presente entrevista ha tenido como objetivo develar algunas respuestas de interés para la comunidad científica y biotecnológica en relación a la metagenómica, teniendo como invitado al Mblgo. Luis Felipe Valdez Núñez. Finalmente, quiero incentivarles a seguir buscando más información sobre el tema y por supuesto a leer los post que se estarán publicando en los siguientes días sobre temas también muy relevantes e importantes en la biotecnología microbiana.
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